Die Biologische Station Mittlere Wupper wird durch den Trägerverein Biologische Station Mittlere Wupper e.V. betrieben. Im Rahmen der Förderrichtlinie Biologische Stationen NRW (FÖBS) ist der Trägerverein Vertragspartner der Städte Wuppertal, Solingen und Remscheid sowie des Landes NRW und konkretisiert die Aufgaben der Biologischen Station jährlich in einem Arbeits- und Maßnahmenplan. Mitglieder des Trägerverein Biologische Station Mittlere Wupper e.V. sind zahlreiche Einzelpersonen und in der Natur aktive Verbänden aus dem Bergischen Städtedreieck. Aktuell sind im Trägerverein folgende Verbände vertreten:
- Bergischer Naturschutzverein (RBN)
- Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland (BUND)
- Forstbetriebsgemeinschaft Solingen-Langenfeld-Monheim
- Naturschutzbund Deutschland (NABU)
- Naturwissenschaftlicher Verein Wuppertal
- Ortsbauernschaft Solingen
- Stiftung zum Schutz von Tier und Natur